Institut Studi Islam Sunan Doe memulai kepengurusannya sejak tanggal 1 November 2018 yang di kerjakan oleh Bayu Islam Assasaki, S.Si., S.Hum selaku Rektor, dan Rizal Akbar, S.Pd., M.Si selaku Wakil Rektor I, dalam rangka membawa proposal pendirian perguruan tinggi ke KOPERTAIS IV Surabaya. Setelah empat hari kemudian, pada tanggal 5 November 2018 KOPERTAIS IV Surayabya mengeluarkan surat rekomendasi bahwa YADARO berhak secara legal mendirikan perguruan tinggi setingkat institut dengan jumlah enam program studi. Pada tanggal 10 November 2018, Institut Studi Islam Sunan Doe membawa proposal rekomendasi perguruan tinggi ke kementerian agama Jakarta. Setelah melalui tahap penyeleksian di kementerian agama, proposal pendirian Institut Studi Islam Sunan Doe dinyatakan layak untuk ditindaklanjuti melalui proses visitasi oleh pihak kemenrterian agama dan badan akreditasi nasional perguruan tinggi (BAN-PT) pada tanggal 24 Desember 2018. Pada tanggal 13 November 2019, Institut Stuidi Islam Sunan Doe resmi diakui secara nasional dengan dikeluarkannya akreditasi minimum oleh BAN-PT dengan nomor SK BAN-PT nomor 61/SK/BAN-PT/Min-Akred/XI/2019. Pada tanggal 10 Maret 2020, surat keputusan agama Republik Indonesia nomor SK 239 tahun 2020 tentang izin pendirian izin Institut Studi Islam Sunan Doe secara resmi ditandatangani oleh menteri agama.